Das liegt dann doch an der Art der Programmierung der jeweiligen Programme/Patches/Themes, oder?
Ja. Man kann - wie in anderen Programmiersprachen auch - schlicht "unsauber" programmieren, es kann sein, das Systemdateien geändert werden, aber die Deinstallation das nicht berücksichtigt usw., fehlende oder fehlerhafte Lokalisierung usw.. Fehlerquellen gibt es jede Menge.
Ich habe letztendlich vor dem neuerlichen Update alle HomebrewApps (auch Preware) und Patches entfernt, EPR laufen lassen und nach dem Update EMH laufen lassen. Jetzt läuft der Pre recht sauber und stabil.
Sollte jemand unverändert massive Probleme haben, könnte dies vielleicht ein Weg sein:
Downgrade - HomebrewApps und Patches entfernen - EPR laufen lassen - Update - Preware via QuickInstall neu installieren - EMH laufen lassen.